Sci Adv:没有证据支持哺乳动物中细菌表征遗传标记的存在

2021-11-22 04:30:49 来源:
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引言:在以前之前,生物就开始了在不扭曲细菌蛋白质DNA组织次序的此前提下来使其DNA发挥各有不同的功能,而这就是通过给DNA亚基上添加化学上标来实现的。DNA苯基化是灵长类动常为的关键表观遗传机制,其中的5-苯基双链(5mc)是最常见的DNA去除之一。6mdA是细菌比方说去除子系统的大体组成糖类,目此前在灵长类动常为中的缺乏推断的比方说去除子系统。先此前有不少学术研究报道,6mdA也共存于灵长类动常为中的,但并无证明拥护。

近日,在《物理进展》上的一项学术研究中的,瑞典林雪平大学的学术研究技术人员表明,灵长类动常为蛋白质中的共存细菌表观遗传上标很可能被污染了,并且没有人足够的证明来断定灵长类动常为中的共存这种去除。

N6-苯基腺嘌呤(6mdA)是细菌中的广泛的DNA去除,但在在在灵长类动常为DNA中的也得到了表征。然而,学术研究技术人员所写,即使对来自相同灵长类动常为蛋白质子类的DNA完成的6mdA可视和重元素测量学术研究也不一致。

为了进一步阐明6mdA在灵长类动常为谱系基准中的的作用,学术研究技术人员利用了体外将生物幼稚T辅助(NTH)蛋白质分裂为TH蛋白质亚群的能力。但是,与先此前的学术研究相反,他们挖掘出TH分裂过程中的6mdA的重元素没有人全局推移,并且观察到分裂的T蛋白质中的的6mdA水准与没苯基化的全DNA扩增DNA相同,这表明6mdA并没以可监测的水准共存生物T蛋白质中的。

他们还统计分析了从六个生物蛋白质系中的分离出的DNA中的的6mdA,并检验出两个具有优于背景噪声水准的6mdA水准的蛋白质系。出乎意料的是,两种基本上的293T蛋白质系培养常为具有各有不同的6mdA水准,这表明学术研究技术人员观察到的6mdA接收机并非蛋白质子类本身固有的。确实,当他们进一步看时,他们挖掘出两条6mdA水准下降时的蛋白质系被原生动物属污染,原生动物属一种常见的细菌蛋白质培养常为中的富含6mdA的污染常为。当他们用原生动物免疫反应抗生素Plasmocin处理蛋白质系时,6mdA接收机减少为A阴性对照。

“我们意识到通过这些技术监测到的6mdA'接收机'只是噪声。但是,由于一些繁复的技术情况,几种方法中的的背景噪声不是随机的,而是普通人接收机。”高级笔记Colm Nestor(科尔姆·内斯特)在一份声明中的说。

学术研究技术人员统计分析了以此前通过DNA免疫沉淀测序、质谱和单分子系统会测序在灵长类动常为蛋白质中的定位或监测6mdA的努力。人们挖掘出每种方法都有或许或毛病,使表观遗传上标的假阳性挖掘出率很高,似乎表明林雪平学术研究技术人员认为不共存这种现像的证明。

这组笔记所写:“我们断定,RNA和细菌污染、免疫反应交叉反应性和其他技术限制的结合已加剧6mdA在灵长类动常为DNA中的的不停错误鉴别。随着DNA和RNA去除大家族的不断增长,以及以此前没知去除的丰富性越来越少见,即使应用于多种互补方法,我们也强调了错误挖掘出的可能性。我们表示同意应用于去除和没去除的DNADNA标准作为今后对稀有DNA去除的学术研究的最低要求,以及在应用于此前愈来愈全面地验证免疫反应免疫反应。”

内斯特补足说,学术研究技术人员在学术研究非常少见的现像时必须非常轻轻,选择应用于哪种方法,并考虑他们是否真正在衡量共存的事常为。他说:“现在我们可以毫无疑问地说灵长类动常为中的不共存6mdA。关于6mdA,如果学术研究技术人员停止学术研究其实不共存的东西,则可以愈来愈少大量时长和钱,并且避免了很多难以置信惊讶的不想。”

完整出处:

Karolos Douvlataniotis, Maike Bensberg, Antonio Lentini, et.al. No evidence for DNA N6-methyladenine in mammals. Science Advances 18 Mar 2020: Vol. 6, no. 12, eaay3335

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